[Κατά τον Ιανουάριον του 1806 έφθασεν εις την Πελοπόννησον σουλτανικόν φερμάνι, διατάσσον τους μουσουλμάνους και τους χριστιανούς να καταδιώξουν συντόνως και να εξολοθρεύσουν τους Κολοκοτρωναίους και τους λοιπούς κλέφταις της χερσονήσου. Συγχρόνως δε και ο
Πατριάρχης, υπείκων εις αύστηράν διαταγήν της Πύλης, εξέδωκε συνοδικήν εγκύκλιον κατ' αυτών. Μαθών ταύτα ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης, συνήθροισε τους κλέφταις της Πελοποννήσου, περί τους 150 εν όλω, και συνεβούλευσε να καταφύγουν εις Ζάκυνθον και να καταταχθούν εις τον στρατόν των κατεχόντων τότε την Επτάνησον Ρώσων. Αλλ' αυτοί δεν εδέχθησαν, προτιμώντες ν' αποθάνουν εις την πατρίδα των. Εις αδελφός του Κολοκοτρώνη μάλιστα είπε τότε "θέλω να με φαν τα όρνια του τόπου μου". Ουδέ την άλλην συμβουλήν του Κολοκοτρώνη ηκολούθησαν, να κρυφθούν όπως ημπορούν τους μήνας του χειμώνος, χωριζόμενοι εις μικρά αποσπάσματα και την άνοιξιν να εξακολουθήσουν τον πρότερον βίον. Όθεν ηναγκάσθη και ο Κολοκοτρώνης, ως αρχηγός των κλεφτών να πολεμή προς τους καταδιώκοντας αυτούς Μουσουλμάνους και Χριστιανούς. Αλλ' ουδαμού εύρισκον άσυλον, ουδ' εφόδια, πανταχού συνήντων διώκτας όχι μόνον Τούρκους, αλλά και χριστιανούς χωρικούς, δια τον πατριαρχικόν αφορισμόν, και μετά τρεις μήνας, κατόπιν αδιαλείπτων αγώνων και δεινοτάτων ταλαιπωριών, αφού εφονεύθησαν και διεσκορπίσθησαν οι σύντροφοί του, ηδυνήθη ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης να διαπεραιωθή εκ Μάνης εις Κύθηρα, οπόθεν μετέβη εις Ζάκυνθον κατά Μάϊον του 1806.]
Η Μονή Αιμιαλών έχει συνδέσει την ιστορία της περισσότερο με την εκτυλιχθείσα τραγωδία κατά το έτος 1806 την περίοδο του μεγάλου κατατρεγμού της Κλεφτουριάς του Μοριά και ιδιαίτερα στον ξεκλήρισμα της γενεάς των Κολοκοτρωναίων.
Λήγοντος του έτους 1805 ο αριθμός των κλεφτών σ' όλο τον Μοριά έφθασε περίπου στις τρεις χιλιάδες. Εκ τούτου η Τουρκική εξουσία άλλους μεν δια δωροδοκίας συλλάμβανε και σκότωνε, άλλους δε διόριζε Κάπους αφού κατάβαλε σε αυτούς υπέρογκες αμοιβές. Η τελευταία αυτή περίπτωση, της παροχής δηλαδή στους κλέφτες υπό της Τουρκικής εξουσίας τιμητικών θέσεων, κατέστησε αυτούς λίαν απαιτητικούς και εξελίχθηκαν σε μεγάλη μάστιγα όχι μόνο δια τους Τούρκους αλλά και δια τους Έλληνες των οποίων δεν υπολόγιζαν διόλου τις περιουσίες των, διαρπάζοντας αυτές. Η κατάσταση αυτή οξύνθηκε όταν ο αδερφός του Θεοδώρου Κολοκοτρώνη, Γιάννης Κολοκοτρώνης ο επικαλούμενος «Ζορμπάς» δια το ατίθασο και το βίαιο του χαρακτήρα του, εφόσον είχε αφορμές και είχε δυσαρεστηθεί κατά του εκ Τριφυλίας Πρωτοσύγκελου και Μοραγιάννη του Μοριά επιτέθηκε κατά αυτού καθόσον μετέβαινε στην Τριπολιτσά και έχοντος μαζί του εξ όλων των επαρχιών εισπραχθέντα δικαιώματα των Πατριαρχείων. Το γεγονός αυτό συντάραξε τους Τούρκους, οι οποίοι δια του Μόρα Βαλεσή Οσμάν Πασά παρέστησαν στην Πύλη την ανάγκη λήψης ριζικών μέτρων κατά των κλεφτών που λυμαίνονταν τον Μοριά.
Τότε κλήθηκε από την διοίκηση ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης στην Τριπολιτσά δια την υπόθεση του Μοραγιάννη. Ο Κολοκοτρώνης αρνήθηκε να μεταβεί στην Τριπολιτσά και οι κληρικοί κατόπιν ισχυρής πίεσης από τον Οσμάν Πασά απηύθυναν έντονο αναφορά προς τον Σουλτάνο διαμαρτυρόμενοι και ζητούντες να λάβουν αυστηρά μέτρα κατά της κλεφτουριάς και ιδίως κατά των Κολοκοτρωναίων.

Αποτέλεσμα τούτου υπήρξε η έκδοση με διαταγή του Σουλτάνου, υπό του Πατριάρχου Γρηγορίου Ε', φρικτού επιτιμίου κατά της κλεφτουριάς και για όσους του υποθαλπόταν αυτούς, σταλμένο μαζί με το φιρμάνι της εξόντωσης της κλεφτουριάς, με άκρα μυστικότητα, προς τον Οσμάν Πασά στην Τριπολιτσά. Τον Νοέμβριο του έτους 1805, δια του επιτίμου αυτού υποχρεούνταν οι Χριστιανοί όχι μόνο να μην τροφοδοτούν και ενισχύουν τους κλέφτες, αλλά και να προδίδουν αυτούς στην Τουρκική εξουσία προς εξόντωση.
Έτσι από τις τοπικές αρχές άρχισε ένας ανελέητος άγριος και συστηματικός διωγμός της κλεφτουριάς υπό των Τούρκων συνεπικουρουμένων υπό των φοβισμένων Χριστιανών, οι οποίοι με προτροπή των προκρίτων υποδείκνυαν στους Τούρκους τα κρησφύγετα των καταδιωγμένων κλεφτών. Μετά την πάροδο τότε μικρού χρονικού διαστήματος ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης, αφού προηγουμένως διέτρεξε τον Μοριά τέσσερις φορές ήλθε στην Γορτυνία μετά δέκα επτά συγγενών του και του πιστού παλικαριού του Γιώργου ή Γιώργα από τον Αϊτό της Τριφυλίας. Εκεί όμως διωκόμενος αποφασίζει να διασπάσει το μπουλούκι (ομάδα) του σε μικρότερα μπουλούκια. Επακολουθεί μεγάλη πανωλεθρία υπό των Τούρκων, φονεύεται ο πρώτος του εξάδελφος Γιωργακλής σε ενέδρα σε γεφύρι στον κάμπο της Μαρμαριάς. Καίγεται ζωντανός ο αδερφός του Γιωργακλή, Γιάννης ο λεγόμενος και «Κουντάνης», στα Καλύβια του Χρυσοβιτσίου μετά από ερωτικό επεισόδιο με την Θεοδώρα κόρη του Κοτζαμπάση Βελέντζα από την Νεμνίτσα της Βυτίνας. Ο Κουντάνης την απήγαγε την κόρη του Βελέντζα όμως η Θεοδώρα δεν θέλησε ν' ακολουθήσει και ο Κουντάνης την άφησε ελεύθερη χωρίς καν να την πειράξει. Ο Βελέντζας κάλεσε τους Τούρκους όπου τον κυνήγησαν και τον έκλεισαν στα Καλύβια του Χρυσοβιτσίου όπου τον έκαψαν ζωντανό μέσα στην καλύβα του. Επίσης φονεύεται ο Δημητράκης Κολοκοτρώνης.
Ο Γιάννης Ζορμπάς, μετά του ξαδέρφου του Γιώργα επίσης με τον Γιώργο από τον Αϊτό της Τριφυλίας και τεσσάρων άλλων Κολοκοτρωναίων μετέβησαν στο χωριό Ζάτουνα πλησίον της Δημητσάνας. Εκεί ο Ζορμπάς βρήκε κάποιο φίλο του ονομαζόμενο Θανόπουλο. Ο οποίος τους πρότεινε να φύγουν από την Ζάτουνα να κατέβουν στο χωριό «Παλιοχώρι», για να προμηθευτούν τροφές, εκεί πλησίασαν στο Μοναστήρι των Αιμιαλών που βρισκόταν δίπλα, όπου εκεί τους περίμενε το οικτρό τους τέλος.
Μόλις εμφανίσθηκαν στο Μοναστήρι βρήκαν το καλογεροπαίδι να κλαδεύει τ' αμπέλι. Τον πλησίασαν με προφυλάξεις και εφόσον βεβαιώθηκαν ότι δεν υπήρχαν Τούρκοι, ζήτησαν να δουν τον καλόγερο για να τους φιλοξενήσει και να τους κρύψει σε ασφαλές σημείο. Το καλογεροπαίδι έτρεξε και φώναξε τον καλόγερο να βγει έξω. Μόλις ο καλόγερος βγήκε από το μοναστήρι, τον πλησίασε ο Ζορμπάς τον άρπαξε από τα μαλλιά που τα είχε κοτσίδα και του έβαλε το μαχαίρι στο λαιμό λέγοντας: «Άκουσε καλά καλόγερε, είμαι ο Ζορμπάς ο Κολοκοτρώνης, κρύψε μας και φέρε μας να φάμε και να πιούμε. Τήρα καλά διαβολοπαρμένε, μην μας μαρτυρήσεις, γιατί σου κόβουμε το κεφάλι και το κρεμάμε να το φάνε τα κοράκια..»
Ο καλόγερος σοκαρίστηκε και έτρεμε από τον φόβο του και τους απάντησε θετικά με το νεύμα του χωρίς ν' αρθρώσει λέξη.
Τους έκρυψε στο ληνό όπου μέσα είχε κληματόβεργες από το κλάδεμα των αμπελιών τους τάγισε και τους έφερε αρκετό κρασί να πιουν και να πέσουν να ξεκουραστούν.
Ο καλόγερος μετά την πρώτη επαφή με τους Κολοκοτρωναίους και την διένεξη που είχαν, φαίνεται να χολώθηκε από τα λόγια και της ιταμής συμπεριφοράς του Γιώργη και Γιάννη Κολοκοτρώνη και της συντροφιάς των, στέλνει κρυφά το καλογεροπαίδι και ειδοποιεί στην Στεμνίτσα το εκεί ευρισκόμενο Τουρκικό απόσπασμα, ο ίδιος δε μεταβαίνει εσπευσμένα στην Δημητσάνα, προφανώς να μην βρίσκεται κατά την επιδρομή των Τούρκων εντός της Μονής. Τότε, εξ ακριτομυθίας πιθανότατα του καλόγερου, πληροφορείται ο πρόκριτος της Δημητσάνας Αθανάσιος Αντωνόπουλος τα της προδοσίας του καλόγερου και επιχειρεί να σώσει, τους εν τη Μονή ευρισκόμενους Κολοκοτρωναίους. Τους ειδοποιεί κρυφά αυτούς να φύγουν από το Μοναστήρι πριν επέλθουν κατά αυτών οι Τούρκοι, εν των μεταξύ πορεύθηκε βραδέως προς την Μονή με Ζυγοβιτσάνους και Δημητσανίτες, εφόσον έριχνε από μακριά πυροβολισμούς. Πάλι προσπαθεί να ειδοποιήσει τους Κολοκοτρωναίους, όμως οι προσπάθειές του Αθανασίου Αντωνόπουλου απέβησαν μάταιοι, διότι ήδη είχε φθάσει το Τουρκικό απόσπασμα από την Στεμνίτσα με τριπλάσιους στρατιώτες από ότι ήταν η κάθε περίπολος. Το πρώτο τμήμα του αποσπάσματος διήλθε της Μονής χωρίς να γίνει αντιληπτό από τους Κολοκοτρωναίους, κρύφθηκε στο γειτονικό ρέμα που βρίσκεται κάτω από το βουνό Κλινίτσα. Το δεύτερο τμήμα συνεπικουρούμενο από τους παρευρισκόμενους Στεμνιτσιώτες, Ζυγοβιτσάνους και Δημητσανίτες δέχθηκε τους πρώτους πυροβολισμούς των Κολοκοτρωναίων οι οποίοι πέτυχαν αρκετούς Τούρκους όπου και φόνευσαν μερικούς.
Μετά από αυτό οι Κολοκοτρωναίοι κλείστηκαν εντός του ληνού και άρχισαν να βάλουν δια μέσου των πολεμίστρων κατά των Τούρκων οι οποίοι είχαν περικυκλώσει το ληνό. Στην προσπάθεια των οι Τούρκοι να εξοντώσουν τους εν τω ληνό εγκλωβισμένους Κολοκοτρωναίους προς της επέλασης της νύκτας αποπειρώνται να πυρπολήσουν την Μονή.
Έτσι παραδίδεται ο ληνός στο πυρ, εφόσον γέμισε μέσα καπνό αναγκάζονται οι μέσα σ' αυτόν κλεισμένοι να πραγματοποιήσουν ηρωική έξοδο. Πρώτος εξέρχεται ο αρχηγός τους, ο Γιάννης Ζορμπάς βλαστημώντας τους Τούρκους και τον καλόγερο, ο οποίος αψηφώντας τους πυροβολισμούς και την φωτιά που είχε περιζώσει τον ληνό εξέρχεται βάλλοντας κατά των Τούρκων και μαχόμενος ηρωικά πέφτει, εφόσον έπεφταν αρκετά βόλια στην πόρτα του ληνού. Μετά από αυτόν πέφτουν στο πυρ και οι υπόλοιποι έξη σύντροφοι του όπου και αυτοί είχαν την ίδια τύχη με τον Ζορμπά.
Οι Τούρκοι με αρχηγό τον Αλβανό Ισά Μπουλούκμπαση, τους έκοψαν τα κεφάλια και αφού τα παλούκωσαν τα διαπόμπευαν μέσα στην Δημητσάνα. Στη συνέχεια τα πήγαν στην Τρίπολη περνώντας από κάθε πόλη και χωριό επιδεικνύοντάς τα, αλλά και προς συμμόρφωση των κατοίκων για το τι θα επακολουθήσει με τους υπόλοιπους κλέφτες και με όποιον τους βοηθήσει. Όταν έφθασαν στην Τρίπολη έδωσε εντολή ο Πασάς να τα παλουκώσουνε στη μέση της πλατείας και δίπλα από τα δυο μεγάλα πλατάνια εκεί που κρέμαγαν τους ονομαστούς κλέφτες που έπιαναν αιχμάλωτους. Είναι η πλατεία που σήμερα έχει πάρει το όνομα του Στρατηγού Θεόδωρου Κολοκοτρώνη.

Ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης κυνηγημένος από τους Τούρκους και προδομένος από τον Ζαχαριά παιδί του Παρασκευά από το χωριό Πυργάκι είχε καταφύγει στο βουνό Κλινίτσα δίπλα από το χωριό Ζυγοβίτσι πάνω και απέναντι από το Μοναστήρι των Αιμιαλών. Ακούγοντας τις μπαταριές έβαλε το κιάλι του και είδε όλο το δράμα των δικών του ανθρώπων αλλά ήταν αδύνατο να προλάβει να πλησιάσει και να τους βοηθήσει.
Μετά από αυτό αποφασίζει να φύγει από τον Μοριά όσο το πιο γρηγορότερο διότι όπως έλεγε: «Δεν μας χωράει άλλο εδώ ο τόπος».

Υπάρχουν τρεις εκδοχές για το πώς οι Κολοκοτρωναίοι έπεσαν στην παγίδα του καλόγερου. Είναι περίεργο πως δεν έλαβαν τα μέτρα τους έναντι αυτού του ανθρώπου, ώστε να μην τους προδώσει. Πώς εμπιστεύθηκαν άραγε με την πρώτη τον καλόγερο;
Πρώτη εκδοχή είναι να τους πότισε αφιόνι (υπνωτικό) είτε με το νερό, είτε με το φαγητό. Οι Τούρκοι όταν έβγαλαν το φιρμάνι, ταυτόχρονα μοίρασαν και αφιόνι σε χωριά, μοναστήρια, μύλους, χάνια, τσοπάνηδες και όπου αλλού μπορούσαν να ζητήσουν βοήθεια οι κλέφτες.
Δεύτερον, να ήταν πολύ κουρασμένοι και ταλαιπωρημένοι από τις κακουχίες και αφού έφαγαν καλά να κάθισαν δίπλα στην φωτιά και να αποκοιμήθηκαν χωρίς να καταλάβουν τίποτα.
Και τρίτον, ο καλόγερος καθώς τους βρήκε νηστικούς να τους έδωσε φαγητό και κρασί πολλών ετών. Έτσι να μέθυσαν και να έγειραν να κοιμηθούν κοντά στη φωτιά.
Το δράμα των Κολοκοτρωναίων στο ληνό των Αιμιαλών έγινε γνωστό σ' όλο το Μοριά. Απέλπισε τους νοσταλγούς της πολυπόθητης ελευθερίας αλλά και αναπτέρωσε τις βλέψεις των Τούρκων να συνεχίσουν το ξεκλήρισμα.
Λίγο καιρό μετά τον χωρισμό των κλεφτών ο χαραγμένος με αίμα δρόμος για την κλεφτουριά έφθασε στο τέλος του. Όλοι όσοι χωρίσθηκαν σκοτώθηκαν, η εξόντωση των κλεφταρματολών του Μοριά υπήρξε ολοκληρωτική. Καθημερινώς στον πασά της Τρίπολης έφθαναν μαντάτα πως σκότωσαν τον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη και ο πασάς τους έδινε μπαξίσια διότι του πήγαιναν κεφάλια από άλλους κλέφτες αλλά και από φιλήσυχους ραγιάδες που έμοιαζαν του Κολοκοτρώνη.
Άλλο ένα επεισόδιο αξίζει να πούμε για την πορεία του Κολοκοτρώνη προς την Ζάκυνθο. Οι Τούρκοι δεν σταμάτησαν να αναζητούν τον Κολοκοτρώνη σε κάθε άκρη του Μοριά. Ήξεραν ότι ο Θοδωρής είχε κεντήσει με στίγμα μπαρούτης την χρονολογία γέννησής του στο χέρι του. Κάθε τόσο πήγαιναν στον Πασά ένα χέρι επιδεικτικά κρεμασμένο, που να είχε στίγμα μπαρούτης, λέγοντας ότι είναι του Κολοκοτρώνη και εισέπρατταν ένα σεβαστό μπαξίσι. Έπειτα μάθαινε πάλι ο πασάς ότι ο Κολοκοτρώνης ζει.
3. ΚΑΛΟΓΕΡΟΣ ΕΚΛΑΔΕΥΕ
Καλόγερος εκλάδευε, μωρέ, στης Αιμυαλούς τ'αμπέλι
Βλέπει δυό κλέφτες, βλέπει δυό κλέφτες να'ρχονται
Βλέπει δυό κλέφτες να'ρχονται, μωρέ, δυό λερωφορεμένους
Κι από μακριά, κι από μακριά τον χαιρετούν
Κι από μακριά τον χαιρετούν, μωρέ, κι από κοντά του λένε
Γειά και χαρά, γεια και χαρά, καλόγερε
Γειά και χαρά, καλόγερε-Καλώς τ'τα παλικάρια
Καλόγερε, ψωμί , κρασί, να φάν'τα παλικάρια
Πέραστ'άπάνω στο ληνό, ψωμί, κρασί να φέρω
Τήρα καλά, καλόγερε, και μη μας μαρτυρήσεις
Σου παίρνει ο Γιάννης τα μαλλιά κι ο Γιώργης το κεφάλι
...Μικροί μεγάλοι στ'άρματα, γυναίκες με τις ρόκες
Τους κλέφτες για να πιάσουμε τους Κολοκοτρωναίους
Στη δολοφονία του Γιάννη Κολοκοτρώνη, του φοβερού Ζορμπά, αδελφού του Γέρου του Μοριά, από τους Τούρκους, αναφέρεται το τραγούδι, που τον πρόδωσε ένας καλόγερος στο μοναστήρι των Αιμυαλών, κοντά στη Δημητσάνα, κατά την προεπαναστατική περίοδο.